简介：自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体以后，便起头对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域傍边的红色波动存在)连结的连结尝试，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失踪耶路撒冷”)几近完从从宇宙中“消失”，人类因此被迫逃亡，离开地球。到了四千年多后，在故事起头前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚抵触事务，在此次事务傍边，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在抵触事务后消失，但事务的真相却由于米尔奇亚的消失而不为人知。在事务后，启动原始索哈尔（后来人类制作出了十二具索哈尔模拟体，是以原本的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料傍边，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引发了各方权势对M.O.M.O.的争夺，是以星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以珍爱M.O.M.O.的平安。另一方面，在米尔奇亚抵触事务结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI起头的时候，那时最大的企业贝克达公司以匹敌格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗火器KOS-MOS的开发计划，但和那时多利用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所差别的是，KOS-MOS是个纯粹的机械成品。另一方面，在EPI起头时，介入KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究职员卯月紫苑，正乘着那时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因此被卷入连续串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事务傍边……
